省省也不再设巡抚，而是设立四套班子，布政使司管民政，主官为布政使，副官为副布政使，不再是左右布政使，而是设立正副布政使，明确正副关系
此外按察使司继续主管一省司法事务，左右按察使改为正副按察使
新设省军区，各省都设一个都指挥使司，省都指挥使司长官为都指挥使，负责管理一省内的地方守备部队以及民兵和预备役
野战部队驻防省内地方的，不归都指挥使统领，而是直接隶属于中前后左右五大战区统领五战区各有战区司令和战区参谋长，并有战区司令部和战区参谋部，专门负责统领各战区下的野战部队
五战区隶属于枢密院，五战区司令部设置在京师，五战区参谋部设置在五都
野战部队和守备部队以及京师卫戍部队，军政权在兵部，军令权在枢密院统兵归参谋部，调兵归司令部
所有部队的装备粮饷都归于兵部，但军费预算须由议会审核通过
没有战事的时候，部队驻扎防区营地，由兵部、枢密院、总参、各军种司令军种参谋长、各兵种司令、五战区司令部，五战区参谋部、省都指挥使、野战军总兵等一起统领，各负责一部份
如果遇到战事，则由皇帝在军机会议上选拔将领出任指挥官，授某某将军衔号统兵作战战后，将军回京缴印卸职，部队回防驻地这一点上，就和隋唐初时一样，各卫大将军将军等高级将领平时都在京中，并不直接统兵士兵由各地军府统领训练，遇战时，从各卫府中抽调士兵，组成出征军队，然后再从朝中选派将领统兵出征，打完之后，府兵归府，将领还朝，兵将分离
这样的改变军队方面变化倒不太大，就是再没有文官来干涉了皇帝任命出征的指挥官，必须得是现役武将，文官不得统兵以后不会再有什么总督、巡抚、巡按等来干涉军事指挥就连内阁首辅，都无权干涉军事
军队由兵部、枢密院这两大系统分统，然后皇帝通过军机处会议，统领指挥军队
撤消掉大军区后以后各省各自为政，一省一个单位，布政司按察司和省都指挥使司三个班子外，还将在各省也新设参众两院，依照现在中央的三驾马车模式，也实行三权分立，互相监督制衡省军区将独立在外，统领省内的地方守备部队、民兵和预备役，负责征兵招募以及退伍安置等
而各野战军镇由总兵统领，他们直接归属五战区统领
所有军队的军费，都由兵部拟算报内阁通过后提交议院由参议院审核通过，低级军官任免权在省都指挥使和军镇总兵手里，中级军官晋升任命则在兵部手里，高级军官任免晋升则直接归属皇帝
总督、提督、巡抚这三个高级官职将彻底取消
以后朝廷更主要的实行垂真条条管理，而不是块状管理