E摊牌了，加持良治暂时离开了第三新东京市，他和政府一起，在国际社会上宣传与第二次冲击的真相，争取拉拢盟友和资金
“虽然你想让我来当新司令，但是你也看到了，我现在脱不开身”加持良治在电话里和伊恩通话：“我们和SEELE已经进入冷战了，他们没有对我们的举动有特别大的表示，也没有站出来发声，但我们不可能再从他们那里获得任何的资金和支援了”
“相比EVA，日本政府更愿意信任你，如果使徒再次来袭的话，他们希望你能出击，也就是让你成为NERV本部的新司令，你可以调动周边的军队和资源，来歼灭使徒，我是来征求你的想法的，你愿不愿接受这个职位？”
“这样么”伊恩琢磨了一下
原本他对司令没什么想法，但现在好像的确也没有合适的人选了
反正使徒始终是要全部消灭的，这一点避不开
“我明白了，一下子就给我升这么大的官，那必须得办一个庆祝会了呢”伊恩说
“总而言之，使徒就拜托你了，SEELE下一步准备做什么，我会努力调查的”加持良治说
“别死了啊，加持先生”伊恩说
“我死了，美里会流泪的，所以我尽量不会死的”加持开玩笑道：“就聊到这里吧，我还有其它的事情要做，负责程序交接的人已经在路上了，他们会联系你的”
说完加持良治挂断了电话，当天傍晚，政府方的人，来核对了他的身份，把手续办好
伊恩成为了NERV的新司令，他上任后的第一件事情，是把原在NERV工作的员工放了出来
除了MAGI相关的员工，其他人都让他们各自回到自己的岗位去
这些人很多是不知情人，就算真的有SEELE的眼线，也无所谓，SEELE爱探情报，就让他们探呗
伊恩无所谓他们探不探情报，况且，对SEELE来说，消灭使徒也是必须完成的事情，如果使徒出现，SEELE绝不会让自己的人捣乱，依然会把消灭使徒当做第一事宜
伊恩大胆地用这些人，让他们重新工作
之后，他调用权限，把S2机关转移到了过来，最关键的地方，他交给了自己人，让汉吉队长协助他
碇真嗣也随同S2机关一起，回到了第三东京市
这个时候，已经是第九使徒被歼灭的第二周了
“真嗣君，情况你都了解了吧”伊恩与碇真嗣，回到了之前他们住过的公寓
“但是.我真的可以走吗？”真嗣有些胆怯
“放心吧”伊恩揉了揉真嗣的头：“无论驾驶EVA还是不驾驶EVA，那都是你自己做出的决定，遵从你自己内心的想法就好了，现在不会有人强迫你的”
“去收拾行李吧，今晚我们给你办一个送别会，绫波，明日香和美里小姐都会来的，今天