料，老人们可不是那么简单就能处理的对手。
捕获了S2机关，并且融入了人类灵魂的初号机，同时拥有了生命果实和智慧果实，初号机已经有了成神的资格。
碇真嗣沉睡的灵魂醒了过来，朗基努斯之枪束缚住了初号机的动作，他什么都做不了，只能眼睁睁看着EVA量产机咬住初号机的光翼，将仿造的圣枪插入自己的胸膛。
强大的反AT力场，以初号机为中心爆发出来。
这便是第三次冲击的开始，与十五年前的第二次冲击如出一辙。
身处地下生态圈的明日香和美里，能透过那个大洞看到天空中的初号机。
美里想起了十五年前的记忆，她那个时候还是个孩子，和父亲一起在南极，见证了第二次冲击的发生。
唯有她被父亲塞进救生舱活了下来，其他人都死了。
“又来了吗？”美里咬牙：“难道我们还是什么都做不了吗？”
身处最终教条区的绫波丽，她的身上开始出现了变化。
她的身体好像太阳底下的冰淇淋一样融化了，开始失去人的形状。
“丽，AT力场没办法维持住你的人形了。”
碇源堂脱下了手套，他掌心融入了亚当的胚胎，呈现出一种扭曲的样子。
正在他想要触碰绫波丽的时候，伊恩终于骑着兵长抵达了最终教条区。
他只比Mark.06晚到十几秒钟，这十几秒钟是为了保护美里和明日香耽搁的时间，但就是这十几秒，Mark.06就消失得无影无踪了。
他不清楚到底发生了什么，但看到碇源堂和绫波丽出现在这里，一副要启动第三次冲击的样子，他便明白，渚薰恐怕和原来一样，被SEELE给算计了。
力天使、和子宫天使被初号机解决，鸟天使死于伊恩的手中，最后的自由天使迎来了他的宿命。
SEELE以伊恩没预想之外的方式，凑齐了人类补完计划的条件。
碇源堂看了一眼伊恩，咬咬牙，用力把亚当的胚胎伸入绫波丽的腹部，想要借此与莉莉丝融合。
“来吧，丽，把我带到唯那里去！”
“绫波丽！”伊恩大喊一声：“我也觉得你很适合当家庭主妇！”
长期指挥工人让他练就了一副中气十足的大嗓门。
绫波丽听到这句话，原本失去高光的眼睛，忽然亮了起来，猛地一下把碇源堂推开。
“我不是你的人偶！”快要融化的绫波丽，朝着伊恩这边跑来。
可是绫波丽却无法控制自己。
钉在十字架上的残缺莉莉丝生长到了完全状态，从莉莉丝的身体上传来巨大的吸力，莉莉丝的身体正在渴望自己的灵魂。
绫波丽飞到了半空中，被莉莉丝吸了过去。
“兵长！去绫波那边！”伊恩大喊，巨大的结晶柱在地面生长，给立体机动装置创造了载体
利威尔咂嘴，在空中回旋。