匹配的原发肿瘤和转移肿瘤之间高度一致
为了研究肿瘤间的异质性，已识别的基因改变被分类为共享的(存在于原发和转移肿瘤中)或私有的(仅存在于原发和转移的肿瘤中)突变bqrr⊙ cc23我们观察到LIM队列中肿瘤间的同质性明显更高，被鉴定为共享的基因突变的中位数为%(范围为%-%)这与BRM队列中发现的%(范围为%-%)共享基因突变的中位数形成鲜明对比
LIM-P和LIM-M之间的TMB相似(p>)
然后，我们利用皮尔逊相关分析计算突变相似度，以描述配对的原发肿瘤和转移肿瘤之间突变特征的一致性和差异性如图1E和1F所示，我们观察到LIM组LIM-P和LIM-M之间的突变一致性较高，而BRM组BRM-P和BRM-M之间的突变一致性有限统计分析表明，LIM组突变相似性的皮尔逊相关系数显著高于BRM组(p=)
我们用皮尔逊相关分析研究了配对的原发瘤和转移瘤之间CNV分布的不一致性结果显示，LIM-P和LIM-M之间的CNV模式高度相似，10例中有9例(%)的Pearson相关系数大于然而，配对的BRM-P和BRM-M之间的CNVS模式高度不一致，11例中只有4例(%)的Pearson相关系数大于统计分析表明，LIM组的CNV相似性显著高于BRM组(p=)
总共有42条通路在这些样本中显著富集，与LIM-P相比，LIM-M具有独特的显著丰富的转移相关通路，如Notch信号和ECM-受体相互作用bqrr⊙ ccNotch信号也在BRM-M中丰富，但在BRM-P中不丰富并且，BRM-M，还有许多
独特的途径，如药物代谢、几种免疫相关途径、细胞凋亡和错配修复为了了解BRM-P和BRM-M中的通路水平相似性是否也比LIM-P和LIM-M中的降低，我们进行了通路特征分析，并计算了样本组之间的通路水平相似性(参见材料和方法)事实上，与它们相匹配的原发肿瘤相比，BRM-M有明显不同的途径富集，而LIM-M有更多相似的通路(p=)
2.配对原发和转移性肿瘤的系统发育关系
为了研究LIM和BRM的进化过程(例如，线性与平行发展模型4)，我们研究了原发肿瘤和它们匹配的转移瘤之间的系统发育关系我们推断了基因组改变的序列，然后使用两种独立的算法重建了每种情况下的系统发育树我们在图3A中列出了每组的三个有代表性的案例
3.配对BRM的转移内和转移间同质性
由于BRM在配对的原发灶和转移灶之间表现出明显低于