朱由校装病时，势力庞大的武将势力势力几乎毫无作为，这也让朱由校看清了五军都督府现在的问题。
现有的五名内阁大学士，其中有两人在下朝后主动上疏隐退，朱由校来者不拒，全部换人。
在下朝之后，又是一道关于人事任免的诏书，令满朝文武大为惊颤。
首先，都察院御史张讷、倪文焕，兵科给事中李鲁生，工部主事曹钦程等十六名在朝的阉党官员，都是没有任何理由的被直接撸掉。
就在所有人都以外皇帝要清算阉党时，又一颗重磅炸弹来袭。
朱由校将原本总督漕运的礼部侍郎付三策调回京师，任吏部右侍郎，负责新一轮的京察事宜。
在南京的卢象升调任为两京漕运总督，孙传庭被任命为宣大总督兼领西北大营，从乌斯藏回来的洪承畴，即刻前往南京任江南总督。
另外，又以侵吞军饷之名，将甘肃总兵姜爽革职，调固原总兵郭钦前往甘肃任总兵官。
这一连串的人事变动，使得满朝文武都是风声鹤唳、草木皆兵。
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