到“次日日落”，可是依然没能攻下雅克萨，一直到清军用火攻的方式准备焚城，才逼迫俄军出城投降
在俄军投降之后，一共有四十名哥萨克士兵留下投效清廷，被康熙归于上三旗，而俄军守将托尔布津则带着其他人撤离，到此阶段雅克萨被清军收复
按道理来说，当这仗打到了这个份上的时候，基本上已经宣告了胜利，可问题是清军打下雅克萨后，并没有选择驻守，而是将城内的房屋与军事要塞全部烧毁，随后就回了瑷珲，而其他的兵力则是都回到了北京，从雅克萨到瑷珲一带又恢复到了战前的无主状态
而俄军守将托尔布津在撤回尼布楚的路上，碰上俄陆军大佐伯伊顿率领的哥萨克大军，在知道雅克萨彻底失陷后，只得一同返回了尼布楚而后尼布楚督军弗拉索夫派人前往雅克萨侦探，得到情报说清军在焚烧雅克萨之后，沿黑龙江河匆匆而下，十分高兴，于是又重新派了托尔布津占领了雅克萨
也就是说到了目前为止，清军前番的努力全部白费，也是导致雅克萨之战持续了整整三年的重要原因
等到清廷得知消息后，第二次率军围攻雅克萨的时候，雅克萨已经被俄军重新加固了，拥有近七百人的兵力，五尊铜炮、三尊铁炮以及九百五十支火枪，而且城墙还得到加高增厚，四面修筑了突出的堡垒，墙外掘出壕沟，还修筑了粮仓、火药库、军需库和近十所居民房
因此在经历重新加固后的雅克萨，清军再想攻克就没那么容易了清军将领萨布素率领所部两千余人，加上建义侯林兴珠率领的四百福建藤牌兵，再加上郎坦、班达尔善、马喇等将领辅佐，开始第二次围攻雅克萨
当清军将雅克萨包围起来后，萨布素便开始率领军队攻城，然而这一次遭受了城内炮火的猛烈还击，清军死伤惨重，无力继续攻城，而俄军亦不能更进一步，双方相抗，你进我退，战争呈拉锯胶着状态
在清军攻城期间，俄军伤亡也十分惨重，守将托尔布津在塔楼视察时，一发炮弹击中腿部，因此右腿被直接打断，并且伤口也被感染，四天后死去，而后俄军归俄陆军大佐伯伊顿指挥
这一仗从七月一直打到了十月，萨布素开始采取长期围困的策略，而城内的俄军由于穴居在冰雪之中，饱患湿气之苦，因战死、饿死和坏血病死者多达数百人，以致于真正还有战斗力的士兵只有六十余人
尽管雅克萨城内的俄军只有六十多人，可是清军依然选择了围困，而此时的俄国为了解雅克萨之围，便派了御前大臣戈洛文、伊拉托木斯克总督符拉索夫前来谈判，而清军也就随之选择了后撤三俄里，解除了围城，后续通过谈判也就签订了《尼布楚条约》
雍正正是因为了解这些，所以