建成知道李世民终不肯屈为人臣，而李世民也认为是自己奠下唐朝开国的基业，遂与李建成、四弟齐王李元吉猜忌日深，两派大臣之间互相倾轧李建成曾经下毒谋害李世民其中宰相裴寂、谋士王珪、魏徵、东宫卫士将领薛万彻等追随李建成、李元吉
秦府谋士杜如晦、房玄龄，将领秦叔宝、尉迟敬德、段志玄、侯君集、王君廓等跟从李世民宰相陈叔达、朝臣长孙无忌等暗中支援李世民其余将领、徐世勣，大臣宇文士及等保持中立李靖知道李世民会成功，所以也假装保持中立
公元626年（武德九年），突厥侵犯唐边境，李建成向李渊建议，由李元吉做统帅出征突厥在太子的东宫中担任率更丞（主管计时的官员）职位的王晊，已被秦王李世民收买，成为李世民在东宫的眼线，他悄悄告诉李世民：“李建成想借此控制秦王的兵马，并准备在昆明池设伏兵杀秦王”于是李世民决定先发制人
公元626年7月2日（武德九年六月初四庚申日），李世民在帝都长安城宫城玄武门附近射杀皇太子李建成、齐王李元吉，史称“玄武门之变”事后，李世民杀李建成、李元吉诸子，并将他们从宗籍中除名李渊让出军政大权给予秦王李世民，三天后（六月初七癸亥日，公元626年7月5日），李世民被立为皇太子，下诏曰：“自今以后军国事务，无论大小悉数委任太子处决，然后奏闻皇帝”
公元626年9月4日（武德九年八月初九甲子日），李渊退位称太上皇，禅位于李世民李世民登基为帝，次年改元贞观
轩辕经天一直在暗中教导李世民
轩辕经天教导李世民人皇之道知人善任，用人唯贤，不问出身，初期延揽房玄龄、杜如晦，后期任用长孙无忌、杨师道、褚遂良等，皆为忠直廉洁之士；其他如李勣、李靖等，亦为一代名将此外，李世民亦不计前嫌，重用建成旧部魏徵、王圭，降将尉迟恭、秦琼等，人才济济又命高士廉、令狐德棻等人重修《氏族志》，着重立德﹑立言﹑立功，以功臣代替世胄；又通过科举，吸纳有才干的庶族士人，用科举代替门第从而，寒门子弟入仕机会大增，为政坛带来新气象此外，更接纳封德彝之议，命宗室出任官吏，以革除其坐享富贵的恶习
轩辕经天教导李世民要听取他人意见，他山之石可以攻玉
李世民即位后尽力求言，他把谏官的权力扩大，又鼓励群臣批评他的决策和风格其中魏徵廷谏了200多次，在朝堂上直陈皇帝的过失，在早朝时多次发生了使李世民尴尬、下不了台的状况又如王圭、马周、孙伏伽、褚遂良皆以极谏知名晚年的李世民因国富民强，纳谏的气度不如初期，偶尔也发生误杀大臣的遗憾，但